Уже несколько раз подряд.
Делаю MPEG 1 с заниженым битрейтом (900...1000).
В результате получаю огромадный файл.
Разделяю видео и аудио, потом склеиваю вместе.
В итоге 200...300 мегабайт экономии.

Он вставляет дополнительный пустой поток, чтоб этот пониженный битрейт догнать до стандарта, это скорее для совместимости. Вроде там галочка была, чтоб этого не делать. Или это было в другом кодере... Давно не пользовался Генкой.