Нужно отрезать от файла vob кусок и по середине и в конце, плюс устранить рассинхронизацию видео и аудио.
Подскажите прогу, которая может делать подобные вещи и сохранять файл обратно в vob, как, например, virtualdub работает с avi файлами.

1. http://videoediting.ru/articles/dvd_edit/faq.php
2. Работа с VobEditoм