Кто-нибудь может посоветовать торрент клиент, который умеет бегать в линуксе типа демоном, без фронтенда, и управляться из командной строки (желательно) или через веб интерфейс...

mldonkey умеет. http://mldonkey.berlios.de

У меня от млдонки только отрицательные впечатления :( Не понял я, как заставить его работать так, как я хочу :(

Ну, в нем много закидонов. Но то, что ты хочешь - там есть и работает.