Столкнулся в очередной раз с проблемой рассинхронизации звука. Попробовал исправить через сорс-настройки в TMPEnc. Всё бы хорошё, но метод проб и ошибок к которому вынуждает данный вариант, при котором, в принципе, действуешь наугад сопостовляя картинку с синусоидой под ней, просто надоел.
Существуют ли другие удобоваримые варианты (чем проще , тем лучше).

Самый простой вариант - загнать уже сконвертированный файл в редактор типа Вегаса и подвинуть аудио руками.

Попробовал. Результат (при установках описанных в подходящей статье) :
1.Получил файл значительно больший чем исходный.
2.Так и не смог стопроцентно синхронизировать (может, зависит от опыта)

То, что файл больше - зависит от формата записи.
Рассинхронизация постоянная или прогрессирующая?

В данном случае рассинхронизация постоянная.
В каком формате работать чтобы размер исходного VCD файла остался приближённо такого же размера? (В моём случае, я начинал работать с файлом в 700 с чем то Mb , а получил больше 1000-и)

Тогда, все, что надо было сделать в Вегасе - это подвинуть звуковую дорожку (предварительно, увеличив масштаб, чтобы было удобней).
Размер у тебя увеличился потому, что надо было тебе сделать так:

1. Сделать демультиплекс МПЕГу из Генки (получишь два файла - m1v и mp2).
2. Засовываешь исходный (недемультиплекснутый МПЕГ файл) в Вегас.
3. Двигаешь аудио, как тебе надо
4. File->Render (рендеришь только аудио в формат WAV по дефолту).
5. Конвертишь полученный WAV Генкой в формат VCD (только аудио)
6. Мультиплексишь новый mp2 с полученным на стадии 1 m1v.

примерно так :)