Возьми
Suntitle Tool и набери в ней.
В графе:
Subtitle No - проядковый номер субтитра
Display time - в какое время (от начала ролика) начать показывать данный субтитр
Hide time - в какое время (от начала ролика) закончить показывать данный субтитр
Subtitle - текст субтитра.
Потом записываешь в файл типа SRT (это чтобы редактировать в дальнейшем) и в формат SSA (для Virtual Dub).
То, что написано выше - пригодно для случая, когда тебе надо добавить постоянные субтитры и ты не боишься перекодироват видео.
Если же надо сделать отключаемые субтитры, то вот
статейка (на английском).