Вот, что тебе надо сделать:
1.
Демультиплекс уже сконвертированного файла. Получим отдельно звук и видео. Звук можно стереть.
2. Вытаскиваем звук из оригинального файла через
VirtualDub2а. конвертим его в формат VCD.
3. Делаем
мультиплекс нового звука с конвертированным видео. Получилось - хорошо, если не получилось, то идем в п.4
4. Если звук и видео в оригинальном файле (неконвертированном) синхронизированы при воспроизведении через Media Player (это важно), то вытаскиваем звук с помощью
GraphEdit, после чего идем в п.2а Получилсь - хорошо, если нет, идем в п.5
5. Крайнее средстство - правим звук руками, как написано
здесь, после чего идем к п.2а