Есть у меня фильм в Xvid , нашел на него субтитры но после наложения в виртуалдабе, размер файла получается меньше исходного и соответственно звук разезжается с видео.
Как сделать так, что бы размер видеофайла остался прежним ?

Никак. Наложение субтитров связано с перекодированием видеопотока, так что твой файл уже никогда не будет таким, как прежде.
Чтобы файл стал большего размера, увеличь видео битрейт.

т.е. полюбому прийдется подгонять звук :(

Звук, как я уже где-то здесь писал - вытащи ГрафЭдитом (есть статья на сайте) и дай в процессе подключения субтитров в Audio->WAV Audio.