Вот в чем суть проблемы, у меня есть два варианта фильма "Две башни":
1. С переводом студий "Божья искра" - 3 диска
2. Фиг знает какой. - два диска

В первом варианте - картинка изумительная, но не оригинальный звук, а захотелось иметь дома фильму с хорошим качеством и оригинальным звуком.

Гуру, подскажите, если я вырежу дорожку из 2-го варианта и вклею ее в 1-й вариант, какие подводные камни меня будут поджидать?

Стандартная проблема - рассинхронизация видео и звука.

а как быть с тем, что там два диска, а тут три? резать и клеить?

Количество дисков особой роли не играет, поскольку продолжительность филма остается более-менее такой же.