Кроме ВСДгира есть еще что-нибудь эффективное?

1. В TMPGEnc в MPEG Tools попробуй:
a.) Демультиплексировать, а затем мультиплексировать файл по новой.
б.) Прогнать через Merge & Cut (там же можно и отрезать повреждённые части).

2. VitualDub (но тогда придётся перекодировать).