Вот сталкнулся с такой проблемой в дубе, беру ави файл вытягиваю из его звук сохраняю в wav(44100, 16bit) и получаю звуковую дорожку примерно на 50 сек. короче оригинальной в ави файле.
Есть какие-нибудь мысли на этот счёт ?
Пояснение: звук не отстаёт постепенно, картинка соответсвует звуку до последней минуты и там как будто звук отрубают, хотя есть ещё 50 секунд видео.

Попробуй отрезать с Direct stream copy, а уж потом конвертировать. Ещё можно попробовать это сделать в VirtualDubMod, ну а если не помогает, то вытаскивай звук в GraphEdit.

P.S. А ты уверен что звуковая дорожка не должна быть такой ?

Тогда, лучший вариант - ГрафЭдит.