Если кодировать в NTSC формате то TMPGenc устанавливает для MPEG-2 параметры 720х480 29,97fps которые нельзя изменить (вернее он пишет, что меняя их вы действуете на свой страх и риск). Эти параметры отличны от PAL 720x576 25fps. Это нормально?

Все правильно, это стандартные значения.