Режу файлы MPEG c програмой TМPGEnc 2.5, и как бы не резал выдаёт только начало в несколько Мо и ни как иначе.

Видимо повреждённый файл, попробуй "Как разрезать SVCD файл при помощи BBMPEG?" ... с поправкой, конечно, на данную ситуацию.