Субтитры у меня в виде .sub файлов. Я так понимаю, надо сделать .sup и как-то их интегрировать в видео, если возможно.

Разобрался: sub в sup прогой txt2sup. А прикрепил их IfoEdit'ом. Правда какие-то пикселизованные они получились, ну да ладно.