Скачал домашнее видео с видеокамеры, разрезал на отдельные эпизоды, перекодировал все это в м2v и записал на DVD. Все работает нормально, но хотелось бы добавить переходы между фрагментами, что-то вроде fade-in, fade-out и т.п. Какой программой можно это сделать?

Это надо было до финального кодирования делать, в процессе монтажа. Например в Sony Vegas.