Налаживаю перевод, микширую с видео. При просмотре фильма до какого то момента (одного и того же) звук идет абсолютно нормально и вдруг в один момент начинает опережать видео (скорость опережения не изменяется). Покрайней мере на двух фильмах такой глюк.

Варианты причин и решений:

Причина 1. Звук закодирован в VBR (с переменным битрейтом)
Решение - вытащить звук из файла с помощью Нандуба и потом скормить Генку.

Причина 2. В середине файла есть битые фреймы.
Решение - удалить таблицу индексов из файла с помощью DivFix и дать Дубу опцию восстановления этой таблицы. (смотри у меня на сайте).

Можно ли , поподробнее по первой причине.
Что за проблема со звуком в VBR и что даст если скормить его Генку.

Проблема в том, что Генк плохо работает с МПз. Особенно с ВБР.
Поэтому, надо вытасчить несжатое аудио из фильма, а потом уже дать Генку.
Как вытаскивать - читай здесь.
Только в примере описан Дуб, а тебе нужен Нандуб :)