Боюсь, что нету такой проги, по крайней мере популярной. :(
Делают это, в основном,
так, с точностью до используемого софта.
Еще ссылка, тут попроще
Если ты хочешь заменить существующие субтитры, не добавляя новых, геморроя будет на порядок меньше.
Минимельный набор действий, не вдаваясь в подробности :
1) Разбираешь DVD на потоки ( ключевое слово : Demux ) DVD Decrypter'om или VobEdit'ом, или ReJig'oм. Для получения информации о CellTimes ( смотри ссылки ) используешь именно IfoEdit.
2) Конвертируешь субтитры в формат sup прогой Srt2Sup. Если формат твоих субтитров отличен от srt, перегоняешь их в srt при помощи, например SubtitleWorkshop
3) Собираешь полученные файлы ( + твои_субтитры, - какие_то_субтитры_из_оригинального_DVD ) при помощи IfoEdit или ReJig. ( ключевое слово : Autoring)
4) Подменяешь multimedia-материал оригинального диска свежеполученным. Используешь для этого IfoUpdate или VobBlanker.
И всё.
Если повезёт - получишь рабочий DVD, отличаущийся от оригинала на одни субтитры, если нет - придётся во всём разбираться и познакомиться ещё с n-ным количеством прикольных утилит.
Удачи ! :)