Хм, я даже не думал, что в матрешку можно мпег-2 запихнуть, поэтому и написал, что не получится. :) Субтитры сначала хорошо бы перевести в текстовый формат, хотя, судя по
http://www.matroska.org/technical/specs/codecid/index.html , можно и в формат VobSub.
MeGUI тебе наверное и не нужен тогда - поля он позволит обрезать только при сжатии видеопотока. Насчет остального - я не так много сталкивался с mkv, чтобы давать подробные грамотные советы.
Пример с фотошопом не удачен - там картинка при открытии JPEG-а преобразовывается в TIFF, а потом при сохранении снова сжимается. Если уровень компрессии не увеличивается, грубо говоря, можно утверждать что качество не меняется. :)
Мне вот только интересно, зачем стремится получить матрешку размером 7 гигабайт? Смысл этих операций в чем? :)