взял с этого источника две дорожки

1. русский dts
2. анг. ac3

оба файла прогнал через ac3 delay cut c задержкой в секунду.

склеиваю в virtualdubmod
со 2-й дорожкой (dts) всё нормально, а с 3-й (анг. ac3) получаю такой вот косяк и как следствие рассинхрон


обратить внимание на длительность и битрейт звука на 3-й дорожке.
если просто сменить дорожку в плеере на внешнюю ac3 - всё замечательно.
foobar показывает на ac3 1:17:09, 448bps. то есть всё так, как и должно быть. а при склейке косяк. :(
ac3 fix битых фреймов не нашёл.

с первыми 2-мя дорожками все понятно. Как откляил, так и приклеил. А где ты взял третью?
А в фубарке ты на 3-ю смотрел или на первую?

1-я дорожка на 2-м скрине осталась без изменений.
добавлял две из 1-го скрина. проблемный 3-й трек на 2-м скрине (он же 2-й на первом скрине). :)
когда он лежит отдельно на диске в виде ac3 и подцепляется плеером или проирывается в фубаре - все нормально. никакой рассинхронизации и правильный битрейт. как только приклеивается в vdm - получается косяк.

да-да - тут играем, тут не играем, тут рыбу заворачивали.

там нет расхождений в fps? Например, дорожка из PAL релиза? Стрим на ошибки проверял (например http://www.videohelp.com/tools/AC3Fix)
И еще, пробовал цеплять в mpc как dub?

Попробуй выдирать дорожку 2 способами, через Demux и Save WAV, и пытаться оба варианта клеить.